I Bloon sono palloncini colorati che seguono un percorso sulla mappa. Per sconfiggerli, posiziona delle scimmie che sparano freccette, lanciano boomerang o utilizzano altri metodi divertenti per farli scoppiare. Ogni tipo di Bloon può richiedere strategie diverse per essere sconfitto.
Bloon base: possono essere fatti scoppiare con qualsiasi scimmia.
Bloon di piombo: richiedono scimmie con attacchi esplosivi o di fuoco.
Bloon mimetici: possono essere rilevati e fatti scoppiare solo da scimmie con capacità di rilevamento del camuffamento.
Bloon di ceramica e di classe MOAB: richiedono più colpi e scimmie più forti per essere sconfitti a causa della loro natura più resistente.